Порекло микроскопа се може пратити у 16. веку. Иако је концепт увећања и сочива био познат вековима, у то време је направљен значајан напредак у развоју оптичких инструмената за увећање малих објеката.
Заслуге за проналазак сложеног микроскопа, који користи више сочива за увећање објеката, често се приписује холандском научнику Зацхариасу Јансену. Око 1590. године, Јансен и његов отац Ханс Јансен, који су били произвођачи наочара, конструисали су микроскоп постављањем више сочива у цев. Овај рани микроскоп је био значајан напредак јер је омогућио веће увећање и побољшану јасноћу у поређењу са претходним уређајима за увећање.
Микроскоп Ханса и Зацхариаса Јансена имао је ограничење јер је патио од хроматских аберација, где би се различите боје фокусирале на различите тачке, што је резултирало мутним сликама. Ово ограничење се касније позабавило још једним холандским научником, Антоние ван Лееувенхоек. Крајем 17. века, Лееувенхоек је побољшао дизајн микроскопа и развио сопствена моћна сочива. Постигао је изузетно увећање и био је први који је посматрао и документовао микроорганизме, као што су бактерије и протозое, користећи своје микроскопе.
Лееувенхоекови микроскопи су били једноставни уређаји са једним сочивом познати као "једноставни микроскопи" или "Лееувенхоек микроскопи". Ови микроскопи су се састојали од мале, висококвалитетне стаклене сфере постављене на металну плочу, са узорком постављеним на врх игле. Пажљивим подешавањем растојања између узорка и сочива, Лееувенхоек је постигао увећања до 270 пута.
Развој и усавршавање микроскопа настављено је током векова, уз доприносе других значајних научника као што су Роберт Хооке и Ернст Аббе. Хукова књига "Микрографија" објављена 1665. године приказала је његова запажања помоћу микроскопа и популарисала употребу микроскопа у научним истраживањима.
Данас су микроскопи постали незаменљиви алати у различитим областима, укључујући биологију, медицину, науку о материјалима и нанотехнологију. Они су еволуирали у веома напредне инструменте који могу да постигну невероватно високе нивое увећања и резолуције, омогућавајући научницима да истраже замршене детаље микроскопског света.