Микроскоп је један од највећих изума човечанства. Пре његовог проналаска, људске идеје о свету око себе биле су ограничене на коришћење голим оком или држање сочива како би се видело голим оком.
Микроскопи су отворили читав нови свет у људском виду, видевши по први пут унутрашње функционисање стотина „нових“ сићушних животиња и биљака, од људских тела до биљних влакана. Микроскопија такође помаже научницима да открију нове врсте и помаже лекарима у лечењу болести.
Први микроскопи су направљени у Холандији крајем 16. века. Проналазачи су били Иас Јенсен, холандски оптичар или други холандски научник, Ханс Липсцх, који је направио једноставне микроскопе са два сочива, али није направио никаква важна запажања са овим инструментима.
Две особе су касније почеле да користе микроскопе у науци. Први је био италијански научник Галилео Галилеј. Прво је описао инсекта кроз микроскоп након његових сложених очију. Други је био холандски трговац платном Лееувенхоек (1632-1723), који је и сам научио да оштри сочива. По први пут је описао много ситних биљака и животиња невидљивих голим оком.
Ернст Руска је 1931. године направио револуцију у биологији тако што је развио електронски микроскоп. Ово омогућава научницима да посматрају објекте мале чак и милионити део милиметра. Године 1986. добио је Нобелову награду.