Постоји неколико врста микроскопа:
1. Светлосни микроскоп (оптички микроскоп): Ово је најчешћи тип микроскопа који користи видљиву светлост за увећање објеката. Има различите моделе, укључујући сложене микроскопе, стерео микроскопе и дигиталне микроскопе.
2. Електронски микроскоп: Ови микроскопи користе сноп електрона уместо светлости да би створили увећану слику. Постоје два главна типа: трансмисиони електронски микроскоп (ТЕМ) и скенирајући електронски микроскоп (СЕМ).
3. Флуоресцентни микроскоп: Овај тип микроскопа користи флуоресценцију за визуелизацију одређених делова узорка. Обично се користи у биологији и медицинским истраживањима.
4. Конфокални микроскоп: Овај микроскоп користи ласерско скенирање за креирање веома детаљних слика. Обично се користи у биолошким истраживањима и медицинском снимању.
5. Микроскоп са фазним контрастом: Овај микроскоп побољшава контраст провидних и необаљених узорака, чинећи их видљивим и лакшим за проучавање.
6. Поларизациони микроскоп: Овај микроскоп се користи за проучавање оптичких својстава кристала и других материјала поларизујућим светлом.
7. Дигитални микроскоп: Овај тип микроскопа снима дигиталне слике и видео записе узорка, омогућавајући лакше дељење и анализу.
8. Скенирајући микроскоп сонде: Овај тип микроскопа може да испитује површине скенирањем сонде преко узорка. Укључује микроскопе атомске силе (АФМ) и скенирајуће тунелске микроскопе (СТМ).
Ово је само неколико примера различитих типова доступних микроскопа. Сваки тип има своје специфичне примене и предности, у зависности од области проучавања и природе узорка који се посматра.